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发表于 2021-7-1 10:14:04
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总体变更三:中枢神经系统肿瘤分类的基因和蛋白命名法
WHO CN5使用HUGO基因命名委员会(HGNC)的基因符号和基因名称系统(https://www. genenames.org/)、人类基因组变异学会(HGVS)对序列变异的建议(http://varnomen.hgvs.org/)及《国际人类细胞遗传学命名体系2020染色体改变报告指南》。基因符号以斜体显示,但蛋白质和基因家族(如IDH基因家族)不以斜体显示。
针对转录本参考序列的序列改变报告使用编码DNA序列的“c.”前缀,随后是核苷酸数目和核苷酸改变。预测的蛋白质序列变化以“p.”为前缀,后面带有参考氨基酸、氨基酸编号和突变产生的变异氨基酸。例如,最常见的BRAF变体是BRAF:c.1799T>A p.Val600Glu(或者BRAF:c.1799T>A p.V600E,氨基酸单字母代码)。值得注意的是,这个例子已预先定义了BRAF转录本参考序列的版本,如NM_004333.5。
某些基因,如H3组蛋白中的基因,可能产生潜在的氨基酸编号混淆。由于通常在缺乏起始蛋氨酸的蛋白质序列中描述组蛋白氨基酸的位置,会导致与来自相应基因转录本的预测序列相比时,编号上存在单个氨基酸差异。因此,许多癌症组蛋白序列改变的描述与二代测序报告遵循的HGVS编号不同。这两个术语的共存可能会使病理学家、肿瘤学家和研究人员对此产生混淆。为了解决这个问题,WHO CNS5在蛋白质水平变异描述后面的括号中使用了传统的蛋白质编号系统,例如,H3-3A:c.103G>A p.Gly35Arg(G34R),或H3-3A:c.83A>T p.Lys28Met(K27M)。如上文所述,在这些例子中也需要事先定义参考转录本的版本。
总体变更四:中枢神经系统肿瘤分级
几十年来,中枢神经系统肿瘤分级与其他非中枢神经系统肿瘤分级不同。WHO CNS5已将CNS肿瘤的分级向非CNS肿瘤分级靠拢,但仍保留了过去CNS肿瘤分级的一些要素。WHO CNS5针对CNS肿瘤分级有两个具体方面的变化:使用阿拉伯数字(而不是罗马数字)和肿瘤按类型分级(而不是跨不同肿瘤类型)。尽管如此,由于CNS肿瘤分级仍然不同于其他肿瘤分级系统,WHO CNS5赞同在指定肿瘤级别时使用“CNS WHO别级”一词(例如,见表3-6)。
阿拉伯数字和罗马数字。传统上,CNS WHO肿瘤分级用罗马数字表示。然而,WHO CNS5强调了肿瘤分类和分级更统一方法,并支持使用阿拉伯数字进行分级。此外,在肿瘤分级系统内使用罗马数字的危险在于,“II”和“III”或“III”和“IV”可能会相互误认,而未发现的排版错误可能会影响临床诊疗。
肿瘤类型内分级。如上所述,过去的CNS肿瘤每个实体都有对应的分级,而分级体系适用于不同的肿瘤实体。例如,在WHO之前的分类中,如果肿瘤被分类为间变性星形细胞瘤,它被自动匹配到WHO III级。而间变性(恶性)脑膜瘤也被定为WHO III级。这些WHO III级的不同类别的肿瘤被认为具有大致相似的生存时间。但这些只是大致相似,间变性星形细胞瘤的临床过程和生物学行为往往与间变性(恶性)脑膜瘤有很大不同。因此,这种方法将级别与理想化的临床生物学行为相关联;例如,WHO I级肿瘤如果可以通过手术切除是可以治愈的;另一方面,WHO Ⅳ级肿瘤恶性程度很高,在缺乏有效治疗的情况下,会在相对较短时间内死亡。
这种实体特异性和临床肿瘤分级方法不同于其他非CNS肿瘤的分级方法。其他器官系统的大多数肿瘤在肿瘤类型内分级,例如乳腺癌或前列腺癌根据其特定的分级系统进行分级。在2016年CNS WHO分类中,孤立性纤维性肿瘤/血管外皮细胞瘤以这种方式分级,使用单一名称但可选择3种级别。在WHO CNS5中,肿瘤内类型分级已扩展到许多类别(表3)。这种改变有几个原因:(1)在使用相对于肿瘤类型的分级时提供更大的灵活性,(2)强调肿瘤类型内的生物学相似性而不是近似的临床行为,以及(3)符合非CNS肿瘤类型中的WHO分级方式。
“临床病理学”分级。由于CNS肿瘤分级几十年来一直与临床生物学行为相关,WHO CNS5总体保留了先前版本肿瘤的分级标准。鉴于此,IDH突变型星形细胞瘤分为CNS WHO 2-4级,而脑膜瘤分为CNS WHO 1-3级。目前,既没有CNS WHO 1级IDH突变型星形细胞瘤,也没有CNS WHO 4级脑膜瘤。此外,因为肿瘤是根据其自然病程进行分级,即使某些恶性肿瘤(如髓母细胞瘤、生殖细胞瘤)经过有效治疗具有良好预后,它们在WHO CNS5中也被定为CNS WHO 4级,尤其是某些预后良好的分子类型,如WNT激活型的髓母细胞瘤。
上述分级方法是一种折衷,因为最初的肿瘤预后相关性研究是基于自然病程,当时有效的治疗方法很少。而目前评估肿瘤患者自然病程几乎是不可能的,因为绝大多数患者都会接受治疗,从而影响总体生存率。在现代治疗方法可以显著影响患者生存周期的背景下,对每种类型肿瘤进行分级的必要性是值得商榷的。事实上,在进行WHO CNS5编辑讨论中,有专家认为若肿瘤级别的划分可能会影响临床干预,则不应进行定级(见表6)。例如,WNT激活型髓母细胞瘤是一种胚胎性肿瘤,如果不治疗是具有侵袭性的,但基于目前有效的治疗方案,几乎所有该类型的患者都有较长生存期。如果将该肿瘤定为CNS WHO 4级,则许多无法治疗、预后不佳的儿童脑肿瘤,在临床讨论治疗方案时,可能存在预后风险。相反,根据其良好预后将该肿瘤定为CNS WHO 1级,相当于单纯手术就可以达到良好预后,这无疑会造成该肿瘤在生物学上是良性的误判。
组织学和分子分级相结合。传统上,CNS肿瘤分级仅基于组织学特征,但现在某些分子标记物可以提供可靠的预后信息。因此,分子参数现在已被用作进行肿瘤分级和评估预后的有效的生物标志物。比如,WHO CNS5中IDH突变型星形细胞瘤中的CDKN2A/B纯合性缺失,以及IDH野生型的弥漫性星形细胞瘤中的TERT启动子突变、EGFR扩增和+7/−10拷贝数变异(即使在组织学上表现为低级别的肿瘤,生物学行为也相当于胶质母细胞瘤,IDH野生型,WHO 4级)。值得注意的是,分子参数可以提高组织学分级,CNS WHO分级不再像以往仅局限于组织学分级。
总体变更五:NOS(非特指)和NEC(未分类)诊断
如cIMPACT所述,使用NOS和NEC可以有效地标识(1)缺乏必要的分子信息或(2)分子检测无法进行有效分类或结果为阴性的不明确的肿瘤诊断。NOS表示无法建立组织形态学联合分子水平的整合诊断,进而提醒肿瘤学家分子检测尚未进行或技术原因导致的分子检测的失败。另一方面,NEC表示已成功进行了必要的诊断性检查,但鉴于临床、组织学、免疫组织化学和/或遗传特征不相匹配,无法做出WHO整合诊断。NEC诊断被病理学家称为“描述性诊断”,病理学家使用非WHO诊断标准对肿瘤进行分类。在这方面,NEC的名称提醒肿瘤学家,尽管进行了充分的病理检查,但检测结果不符合WHO的标准诊断。与WHO诊断一样,NEC和NOS诊断也应当通过分层整合报告。
总体变更六:新型诊断技术
新技术的发展影响了肿瘤的分类。包括光学显微镜、组织化学染色、电子显微镜、免疫组织化学、分子遗传学,以及各种组学分析方法在内的各种方法和技术,相辅相成,彻底改变了肿瘤分类的方式。基于核酸的方法(如DNA和RNA测序、DNA荧光原位杂交、RNA表达谱)已经展示出在肿瘤诊断和分类的重要作用。随着WHO 第4版修订版分类的出现,全球范围内此类技术的应用进一步扩大。WHO CNS5加入了更多的分子方法对CNS肿瘤进行分类。
在过去的十年中,甲基化分析已经成为CNS肿瘤分类的有力方法,在过去几年的各种出版物中都有详细介绍。尽管甲基化分析的最佳方法和监管问题尚未得到解决,该技术目前也尚未广泛应用,但大多数CNS肿瘤类型都可以通过甲基化分析可靠地诊断。拷贝数改变等信息也可以从甲基化数据中获得,例如染色体1p/19q共缺失、+7/−10特征谱,基因扩增、纯合缺失以及基因融合等事件。目前,当与其他标准技术(包括组织学)一起使用时,甲基化分析是脑和脊髓肿瘤分类的有效辅助方法,尤其是对于那些特征并不显著的、罕见的肿瘤类型和亚型。当小活检样本限制其他技术的使用时,该方法也有实用价值。需要注意的是,当靶向治疗和临床试验需要检测患者是否具有特定基因变异时,甲基组谱不能作为替代方案。对于甲基化分析结果,必须注意校准阈值。阈值可被设置为0.84或0.90,对于分数小于0.84的样本,基于甲基化的诊断应当谨慎;如果分数低于0.50,则应该放弃。与其他诊断检查一样,在解释结果时必须考虑组织学特征(如肿瘤细胞数量和纯度)。WHO CNS5假定几乎所有(但不是所有)的肿瘤类型都具有特征性的甲基化谱。当需要依靠甲基化进行分类时,这些甲基化的特征将被包含在此类肿瘤的定义中。
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